Nesprávne vzduchovanie materiálu

V jednom alebo v druhom kroku oxidácie amóniaku cez dusitany na dusičnany sú zapojené rôzne druhy baktérií.
Inštaláciou dodatočného vzduchovania do filtra je možné zabezpečiť prívod kyslíka pre nitrifikačné baktérie. Nie je nezvyčajné, že majitelia koi sú schopní kontinuálne merať mierne zvýšené koncentrácie dusitanov napriek dobrému vzduchovaniu filtračnej komory a skutočne dostatočne veľkému množstvu biologického filtračného materiálu.
Chyba tu často spočíva v tom, že filter je prekysličovaný na nesprávnom mieste. Ak dôjde k vzduchovaniu v mechanickom filtri, môžu výsledné turbulencie viesť k výraznému zníženiu veľkosti nečistôt. Malé čiastočky nečistôt potom môžu, ak sú dostatočne malé, bez prekážok prejsť cez mechanické filtračné médium a dostať sa do biofiltru. Tam sú tieto organické nečistoty potom použité heterotrofnými baktériami ako zdroj potravy.
Heterotrofné baktérie sa živia časticami a rastú rýchlejšie ako autotrofné nitrifikačné baktérie. Ak dôjde v biofiltri k nadmernému množstvu nečistôt, môžu prerásť alebo vytlačiť autotrofné baktérie (nitrifikačné látky) potrebné na odbúravanie dusíka. Filter by preto mal byť vzduchovaný v biokomore, kde je potrebný kyslík.
Zvyčajne pri použití bubnového filtra sa môže vzduchovanie použiť hneď za bubnovým sitom vďaka čomu prechádza okysličená voda cez kompletný biologický filter.
V tomto prípade platí „kyslíku nie je nikdy dosť" a preto môžete použiť aj silnejšie vzduchové kompresory